Durumu hızla kötüleşince tekrar hastaneye giden Serhan Şeşen'e menenjit teşhisi kondu. Tedavi sürecinde beyin tomografisi (BT) çekilmeden belinden su alındı (lomber ponksiyon işlemi yapıldı). Baba Burhan Şeşen ve aile, bu müdahalenin yanlış olduğunu, tomografi yapılmadan yapılan işlemin beyinde apse oluşumunu tetiklediğini ve komaya yol açtığını iddia etti. Bu iddia, kamuoyunda büyük yankı uyandırdı ve hastaneye yönelik yoğun eleştirilere neden oldu.
Serhan Şeşen'in durumu hızla ilerledi; beyinde frontal apse ve bakteriyel menenjit tespit edildi. Yoğun bakımda tutulduktan sonra Alman Hastanesi'ne nakledildi. Burada beyin ödemi nedeniyle beyin ölümü gerçekleşti ve 1 Aralık 2008'de beyin ölümü resmi olarak açıklandı. Kalp durması sonucu 3 Aralık 2008'de yaşamını yitirdi.
Baba Burhan Şeşen, oğlunun ölümünden hastanenin yanlış teşhis ve tedaviyi sorumlu tuttu; doktorlardan şikayetçi oldu. Adli Tıp ve dava süreçlerinde tartışmalar yaşandı. Bazı raporlarda (Adli Tıp) tedavide eksiklikler bulunduğu belirtilirken, Sağlık Bakanlığı'nın bilirkişi raporunda hekim ihmali olmadığı, ölümün hızlı seyreden beyin apsesi ve menenjitten kaynaklandığı, hastalığın aslında 2-3 hafta önce başladığı ifade edildi. Davada iki doktora başlangıçta 2 yıl hapis cezası verilmiş olsa da, temyiz aşamasında beraat kararı çıktı.